Заповідного фонду національного природного парку «Кармелюкове Поділля» здійснює охорону його природних комплексів та забезпечує додержання режиму території. Це завдання покладено на відділ державної охорони та територіально-структурні підрозділи установи, які створені для досягнення максимального наближення працівників служби державної охорони до території, яка охороняється. До цих підрозділів входить п’ять природоохоронних науково–дослідних відділень: Бритавське, Лузьке, Дохнянське, Любомирське та Червоногребельське. У свою чергу відділення поділені на обходи.
Головним видом діяльності служби державної охорони є патрульно – рейдова робота, яка полягає в контролі за додержанням природоохоронного режиму згідно її функціонального зонування Парку.
Функціональний поділ території
· Заповідна зона – 19,6 %
· Зона регульованої рекреації – 35,5 %
· Зона стаціонарної рекреації – 0,1 %
· Господарська зона – 44,8 %.